SUPERHOKI89 menyimpan 89 kotak eksperimen yang tersebar di beberapa ruang penyimpanan. Bagian luarnya hanya memperlihatkan tanda sederhana seperti bentuk, garis, angka, atau pola warna sehingga isi setiap kotak belum dapat diketahui hanya dengan melihat nomor yang tertera pada rak.
Kotak dalam SUPERHOKI89 tidak selalu dibuka dengan cara yang sama. Ada kemasan yang memiliki susunan tombol, pengunci berbentuk kepingan, petunjuk lipat, hingga mekanisme yang baru bereaksi setelah benda tertentu ditempatkan di sisinya. Pemain perlu memeriksa karakter kotak sebelum mencoba membuka pengamannya.
Isi yang ditemukan juga dapat berhubungan dengan kotak lain. Sebuah roda kecil mungkin cocok dengan mekanisme pada rak berbeda, sementara potongan transparan dapat memperlihatkan simbol baru ketika diletakkan di atas kartu berpola. SUPERHOKI89 membuat benda sederhana tetap berguna meskipun fungsinya belum langsung terlihat saat pertama ditemukan.
Setiap temuan dari 89 kotak dapat dikelompokkan berdasarkan tanda dan kegunaannya. Dengan membandingkan simbol kemasan, mekanisme pembuka, serta benda yang tersimpan di dalamnya, pemain SUPERHOKI89 dapat menemukan hubungan antarkotak tanpa harus mencoba setiap barang pada seluruh ruang eksperimen.